1、物料预冻
启动循环管道泵，循环大约10秒钟。
启动制冷压缩机，启动10秒钟后打开干燥仓电磁阀。
捕水器降温：当制品温度达到工艺要求的温度(按品种而定)并保持1小时使每块板的测温探头都达到这个温度(一般要-35℃～-40℃)，将冷冻干燥机干燥仓电磁阀关闭，打开捕水仓电磁阀，这时制冷压缩机对捕水器进行降温。
2、升华干燥
抽真空：等后箱捕水器温度降至-40℃以下并保持一段时间，然后打开真空泵，这时真空泵对整个系统进行抽真空。
待整个系统的真空度达到10Pa以下时，通过隔板下的加热系统对产品缓缓加温，供给制品在升华过程中所需的热量，使冻结产品的温度逐渐升高至工艺控制点。
3、解析干燥
在冷冻干燥设备的冻干过程中，升华阶段用去了大部分干燥时间。当产品中得冻结冰已不存在时，升华阶段应结束了，但制品中还剩下5%—10%的水份，并没达到工艺要求，所以进行二次干燥。
方法有两种：
①提高板层温度以增加供给热量。
②提高干燥箱的压力，以加快热量传送(也就是对冻干箱真空进行控制)，上限压力可根据制品的冻干工艺进行设置(一般在10Pa—30Pa)。高真空保持时间要依据产品的含水量要求而定，最高许可温度要根据产品的特性而定，一般在最高许可温度下保持2小时左右，即可出料。
4、冻干结束
依次关闭冷冻干燥机的真空泵、制冷压缩机、捕水仓电磁阀、电加热、循环管道泵
打开放气阀，使箱内压力恢复大气压。
制品出箱后，关闭冷却水循环泵，关闭电源开关。
5、捕水仓除霜
捕水仓除霜可以与干燥仓的进出料同时进行。
打开冷冻干燥机捕水仓放气阀(即溢流阀)将捕水仓放至大气压，然后打开化霜水进水阀，
接通化霜水，当水达到溢流口处，水从溢流口流出时迅速关掉化霜水开关，保持一段时间后，可将水放掉，根据化霜水的温度和结霜的厚度，直至彻底的化霜排尽冷冻干燥机捕水仓中的存水。化霜结束后应使阀门复位。